Das Museum, das 1998 ein Geschenk der Deutschen an die Ägyptische Regierung war und dessen Kooperationspartner das Museum in Hildesheim ist, ist weitgehend fertiggestellt. Ab 2013 können im neuen Aton-Museum in Minya Werke aus der Zeit Echnatons bestaunt werden.
Das Museumsgelände liegt am Nilufer, so dass man vom Außenbereich aus den Nil überblicken kann. Dort soll auch ein Open Air Theater untergebracht werden, in dem berühmte Repliken stehen sollen. Das Gebäude selbst hat die Form einer Pyramide und wird auf 5 Etagen insgesamt 14 Ausstellungsräume, einen großen Konferenzsaal und eine Ausbildungsstätte für Restaurationen beherbergen.
Laut Adel Abdel Satar, dem Leiter der Museumsabteilung des ägyptischen Antikenministeriums, soll das neue Atonmuseum eine große Sammlung von Werken zeigen, die mit dem Ketzerkönig Echnaton und seiner Frau Nofretete zu tun haben. Darunter sind z.B. Statuen des Königspaares, aber auch solche des Vaters, Amenhotep III. und dessen Frau Teje.
Außerdem sollen in dem neuen Museum durch die diplomatischen Korrespondenzen auch die Beziehungen zu den Nachbarvölkern beleuchtet werden, die unter Echnatons Regierung ja stark vernachlässigt wurden. Daneben sollen auch eine Reihe von dekorierten Talatatblöcken ausgestellt werden. Talatat sind für die Amarnazeit typische, standardisierte Steinblöcke, mit denen z.B. in Amarna und Karnak die Tempel des Aton gebaut wurden.
Wegen der guten Beziehungen zum Hildesheim Museum wird dieses die letzte Fertigstellungsphase nicht nur durch das Abstellen von Experten unterstützen, sondern vor allem durch ein Spendenprojekt, mit dem ein Teil der noch erforderlichen 60 Millionen Ägyptischen Pfund (7,5 Mio. Euro) erwirtschaftet werden soll, ließ der Antikenminister Mohamed Ibrahim verlauten.